La conservazione della Zona di protezione speciale "Stelvio" richiede di affrontare alcune criticità. Nel sito si svolgono tradizionali pratiche pastorali di monticazione estiva, anche con produzione di pregio, ma la diminuzione degli usi pastorali determina trasformazioni sul territorio. In fondovalle si assiste infatti a una banalizzazione delle aree a prato, a scapito della biodiversità. Il turismo è diffuso, ma raggiunge picchi elevati solo in prossimità dei rifugi o dei principali sentieri. Infine esiste un rischio di saturnismo a danno dei rapaci necrofagi, come il gipeto, o parzialmente tali, come l'aquila reale, determinato dall'utilizzo dei proiettili di piombo.
Le misure di conservazione stabilite oggi dalla Giunta provinciale sono numerose, fra queste vi sono gli interventi di conservazione degli habitat a pascolo, il recupero di aree aperte e la conservazione delle zone umide, ma anche la tutela degli ambienti rupicoli utilizzati dai rapaci, la regolamentazione degli usi turistici sportivi e la limitazione del disturbo soprattutto nei siti di riproduzione conosciuti. Non mancano misure legate all'inquinamento luminoso, come la disciplina nell'uso di fonti di luce e fasci luminosi in alta quota, nonché la limitazione alla costruzione di nuove piste da sci e infrastrutture, soprattutto nelle aree di presenza più importanti delle specie ornitiche minacciate. Attenzione anche ai cavi sospesi delle linee elettriche e telefoniche. Infine andranno adottate iniziative di sensibilizzazione ed educazione su specie ed habitat di rilevanza naturalistiche, come anche un monitoraggio sistematico in aree campione.
